高效液相色譜分析法(HPLC)，它的基本概念及理論基礎(chǔ)（如保留值、塔板理論、速率理論、容量因子、分離度等），與氣相色譜是一致的。但高效液相色譜儀與氣相色譜儀的主要區(qū)別歸結(jié)為：
(1)進(jìn)樣方式的不同：高效液相色譜只要將樣品制成溶液，而氣相色譜需加熱氣化或裂解；
(2)流動(dòng)相的不同，在被測(cè)組分與流動(dòng)相之間、流動(dòng)相與固定相之間都存在著一定的相互作用力；
(3)由于液體的粘度較氣體大兩個(gè)數(shù)量級(jí)，使被測(cè)組分在液體流動(dòng)相中的擴(kuò)散系數(shù)比在氣體流動(dòng)相中約小4~5個(gè)數(shù)量級(jí)；
(4)由于流動(dòng)相的化學(xué)成分可進(jìn)行廣泛選擇，并可配置成二元或多元體系，滿足梯度洗脫的需要，因而提高了高效液相色譜的分辨率（柱效能）；
(5)高效液相色譜采用5~10Lm細(xì)顆粒固定相，使流體相在色譜柱上滲透性大大縮小，流動(dòng)阻力增大，必須借助高壓泵輸送流動(dòng)相；
(6)高效液相色譜是在液相中進(jìn)行，對(duì)被測(cè)組分的檢測(cè)，通常采用靈敏的濕法光度檢測(cè)器，例如，紫外光度檢測(cè)器、示差折光檢測(cè)器、熒光光度檢測(cè)器等；
(7)液相色譜與氣相色譜相比較，高效液相色譜同樣具有高靈敏度、高效能和高速度的特點(diǎn)。
高效液相色譜的分析法（定性和定量分析）與氣相色譜分析相似，在定性分析中，采用保留值定性，或與其他定性能力強(qiáng)的儀器分析法連用；在定量分析中，采用測(cè)量峰面積的歸一化法、內(nèi)標(biāo)法或外標(biāo)法等，但高效液相色譜在分離復(fù)雜組分式樣時(shí)，有些組分常不能出峰，因此歸一化法定量受到限制，而內(nèi)標(biāo)法定量則被廣泛使用。